Van sommige graslanden is de veel te voedselrijke bovenlaag weggehaald. Op de armere ondergrond groeien nu weer klokjesgentiaan en orchideeën.
Ook dophei en struikhei zijn terug van weggeweest. In het loofbos staan witte klaverzuring en grote muur.
Natuurlijk bos
Natuurmonumenten streeft in Boerskotten naar natuurlijke bossen met inheemse boomsoorten. Daarvoor zijn naaldbossen uitgedund. In een loofbos is de soorten-rijkdom groter. Door in te grijpen kunnen eik, beuk en lijsterbes toenemen.Natuurlijk beheer betekent ook dat dode bomen blijven liggen, zodat er paddenstoelen, mossen en planten op groeien. In het loof broeden zangvogels als de tjiftjaf, zanglijster en appelvink. De zeldzame zwarte specht hakt met zijn snavel ovale nestholten in oude bomen.
Wildwissels
De snelweg A1 snijdt Boerskotten in tweeën. Dankzij de aanleg van wildtunnels en een ecoduct kunnen dieren toch heen en weer lopen of zelfs Duitsland intrekken. Reeën en marters, maar ook muizen maken gebruik van deze wildwissels. Om verdere versnippering van de natuur in Overijssel tegen te gaan koopt Natuur-monumenten landbouwgronden aan. Door verwerving van landgoed Beerninkholt sluiten Boerskotten en Duivelshof beter op elkaar aan.
